奎宁作为一种慢作用药物治疗风湿病有更长历史，最早对这种药物的认识来源于秘鲁的金鸡纳树皮。所以奎宁和阿司匹林、青蒿素、二甲双胍类似，都是从植物成分的研究改造成的神奇药物。这些药物的特点是，安全性比较高，效果比较理想，往往具有多种疾病治疗效果。甚至都可以归类为神药之列。
南美安第斯山脉海拔三千余米，昼夜温差极大，是疟疾的天然温床。然而秘鲁土著却发现，山里的美洲豹、狮子在染上疟疾后，总能奇迹般地“自愈”。跟踪一番他们才知道，美洲豹和狮子患病后，会寻遍深山，啃嚼一种树的树皮来治疗。这种神奇的“生命之树”，便是金鸡纳树。于是，印第安人开始用金鸡纳树皮泡水，来治疗发热高烧，金鸡纳树皮成为印第安人治愈疟疾的民间偏方。
约四百年前，欧洲殖民者入侵美洲，很多欧洲人踏上这片瘴气蒸腾的大陆，都感染上了严重疟疾，其中包括（1630年）西班牙驻秘鲁总督夫人安娜（Ana Chinchón）。病危之际，一位印第安姑娘为总督夫人偷偷送去金鸡纳树皮研磨成的粉末，夫人服用后不久便转危为安。1742年卡尔·冯·林奈根据上述故事将此树命名为金鸡纳树。
1820年，法国著名药学家Pelletier和Caventou成功从金鸡纳树皮中提炼出历史上最早的抗疟疾药——奎宁，发现是一种可可碱和4-甲氧基喹啉类抗疟药，是快速血液裂殖体杀灭剂。使得奎宁成为治疗发热性疾病的首选药物。
1894年，英国伦敦一位名为Payne的内科医生首次报道用奎宁治疗盘状红斑狼疮(DLE)，并取得显著疗效，这是第一次科学家想到用抗疟药来治疗风湿免疫性疾病。
1934年，德国拜耳制药的科学家合成发明了与天然奎宁化学结构相近的人工合成抗疟疾药氯喹。它相比奎宁更加安全有效，因此广泛用于治疗和预防疟疾。但由于使用剂量过大，毒副作用仍然明显。
1944年科学家在氯喹的基础上研究出一种新型抗疟疾药——羟氯喹，治疗作用与氯喹相近，但毒副作用显著减少。该药是用羟乙基替代了氯喹中的一个乙基，这一小小不同，使羟氯喹在人体胃肠道吸收更快，体内分布更广。
后来，一部分恶性疟疾原虫对氯喹产生了抗药性。上世纪60年代，抗氯喹恶性疟疾在东南亚严重扩散。1964年，越南政府向中国请求帮助，有了“523任务”，有了后来屠呦呦发现抗疟疾药物青蒿素。
磷酸氯喹是一个抗疟疾老药，磷酸氯喹是氯喹与磷酸根结合，使药物稳定性或水溶性更好。其副作用包括头昏、恶心、以及眼部疾病和视力损失，还可能引起听力损害。
羟氯喹用于治疗风湿病提示这种药物不仅是抗病毒，也有可能具有对抗炎症风暴的可能性。
目前羟氯喹作为临床治疗风湿免疫病的基础药物，在多种风湿性疾病如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、强直性脊柱炎、复发性风湿病、嗜酸性筋膜炎、皮肌炎、干燥综合征、环状肉芽肿、皮肤型狼疮及盘状红斑等方面具有良好的安全性和可靠的疗效，但羟氯喹为何可用于治疗风湿病呢？
1955年羟氯喹首次用于治疗系统性红斑狼疮，疗效较佳。随后随着科学家进一步研究发现，羟氯喹在风湿性疾病中可发挥多种免疫调节作用。众所周知，风湿免疫性疾病其本质是慢性炎症性疾病，是由于免疫系统的过度活化，产生了多种抗体、炎症因子杀伤自身健康组织所致。（是不是有炎症因子风暴的影子）
研究报道羟氯喹具有明显的抗炎作用，它能抑制免疫系统的过度活化，抑制炎症细胞产生炎症因子，还可抑制炎症细胞如中性粒细胞向炎症组织的迁移。此外羟氯喹还可通过影响紫外线吸收并阻挡紫外线对皮肤的伤害。以上种种皆为羟氯喹在临床治疗风湿性疾病提供大量依据。
相比于其他抗疟药，羟氯喹的副作用相对较少，主要表现在眼部病变，如果用的时间比较长的话，可能对视网膜有一定损害，其视网膜病变与剂量相关，在每日最大剂量不超过6.5mg/kg体重情况下，发生视网膜损害的风险低；但超过推荐的每日剂量将会大大增加视网膜毒性的风险,因此长期使用羟氯喹需定期检查视网膜。此外长期用大剂量羟氯喹治疗也可引起中毒性疾病、心脏病和周围神经病变，如果及时停药，这种反应可以改善。值得注意的是，有重症肌无力等神经肌肉疾病和精神障碍性疾病患者使用羟氯喹时需谨慎；葡萄糖-6-磷酸酶缺乏的患者使用时要注意是否有溶血发生。如果将这种药物短期应用于对抗病毒感染，这些副作用并不容易发生。